Agathe CHAVY

Pour beaucoup de maladies zoonotiques, les cycles de transmission restent difficiles à déterminer, particulièrement lorsque ceux-ci sont dus à des agents pathogènes généralistes qui dépendent de plusieurs espèces hôtes et vectrices pour être transmis. De plus, les perturbations anthropiques et les changements climatiques exercent de fortes pressions sur les écosystèmes et peuvent modifier les cycles de transmission des pathogènes, ce qui nécessite des études à différentes échelles spatiales des maladies pour comprendre leur dynamique. La caractérisation et la quantification de l’importance relative des facteurs qui influencent les systèmes hôtes-pathogène-vecteurs est alors centrale pour une approche globale. Cette approche a été utilisée pour étudier l’écologie du cycle de transmission de la leishmaniose cutanée en Guyane en identifiant les facteurs qui l’organisent et l’influencent. Cette maladie vectorielle principalement sylvatique qui comprend des hôtes et des vecteurs multiples est soumise à de fortes pressions anthropiques ces dernières années dans le bassin amazonien, ce qui a modifié la dynamique du cycle de cette maladie entrainant une augmentation du risque de transmission aux populations humaines. Pour réaliser ce travail, nous avons d’abord étudié l’influence des facteurs environnementaux, climatiques et anthropiques à l’échelle globale du biome amazonien et régionale de la Guyane sur la distribution des cas humains de LC en utilisant des modèles de niches écologiques. Ceci nous a permis d’obtenir des cartes de risque qui ont montré que la variable anthropique était contributive à la réalisation du cycle de la LC. Puis, nous avons analysé la réponse des communautés de vecteurs à une échelle régionale dans des sites forestiers soumis à différents degrés de perturbation. Ce travail a été possible grâce à l’utilisation du séquençage haut débit et d’outils probabilistiques validant la pertinence des taxa. Il est apparu que les communautés de vecteurs répondaient essentiellement à des grandes typologies d’habitats. Enfin, nous avons contribué à l’amélioration de la gamme d’outils disponibles pour l’identification des phlébotomes en utilisant le MALDI-TOF MS. L’objectif de cette dernière partie était de créer une nouvelle banque de spectres de masse protéique des phlébotomes en Amérique du Sud et de rendre ce travail accessible en ligne. Cette thèse a contribué à l’amélioration des connaissances générales du cycle de la LC en Guyane. Néanmoins, la compréhension de cette maladie complexe nécessite encore d’intégrer le compartiment des hôtes mammifères et d’autres échelles spatiales pour étudier par exemple l’effet de lisière sur la dynamique du cycle ou encore les interactions entre le microbiome des vecteurs et les parasites.