Epidémiologie des pathologies infectieuses et tropicales en Amazonie française


Sujet : « Epidémiologie des pathologies infectieuses et tropicales en Amazonie française ».
Doctorant :  Monsieur Loïc EPELBOIN
Directeur de thèse : Monsieur NACHER Mathieu
Date : lundi 10 décembre 2018 à 10h00 à l’Amphithéâtre A, Bât Université de Guyane

Résumé :

Mon intérêt pour la recherche en pathologies infectieuses et médecine tropicale s’est révélé très tôt au cours de mon cursus, avec l’écriture d’un premier cas clinique de médecine tropicale en 2000 alors que j’étais en 4ème année de médecine dans le service des Maladies Infectieuses de la Pitié-Salpêtrière.

Au fur à mesure que les années passaient, et que s’acquéraient de nouvelles compétences tant en clinique qu’en épidémiologie, les publications d’abord sous forme de cas cliniques puis progressivement sous forme d’études cliniques, se sont multipliées. Des séjours pour raisons professionnelles au cours de l’internat et en post-internat, sous les tropiques, Guyane, Mayotte, Guadeloupe, ont été l’occasion également de rédaction d’articles in situ, avec les premiers encadrements de plus jeunes.

D’une façon logique et chronologique, mes premières publications ont concerné principalement la médecine des voyages et la maladie infectieuse cosmopolite puis, ont basculé progressivement vers l’étude des pathologies infectieuses et non infectieuses qui sévissent en région tropicale.

Les premiers pas en recherche par la médecine des voyages
Mon parcours scientifique a suivi de près le parcours clinique, et de ce fait, les premières recherches et publications ont se sont tournées vers la médecine des voyages, parallèlement à mon cursus médical, notamment dans le service des Maladies Infectieuses et Tropicales de la Pitié-Salpêtrière entre 2000 et 2013, où j’ai successivement exercé les fonctions d’externe des hôpitaux de Paris, puis interne, puis réalisé ma thèse de médecine avant d’occuper les fonctions de chef de clinique pendant 3 ans. À noter également que le clinicat parisien de 2010 à 2013 a permis également de se roder à l’enseignement au sein de l’UPMC, tant dans le cadre de cours au sein du module 7 de pathologies infectieuses aux étudiants en médecine, ou aux externes et internes du service, que dans la contribution à de nombreux diplômes universitaires et interuniversitaires, telles que Master M1 Santé Internationale et Pathologie Tropicale, Séminaire Préparation aux grandes menaces sanitaires, DIU de Stratégies thérapeutiques et préventives en pathologie infectieuse, DIU de Médecine des voyages et santé des voyageurs de l’UPMC ainsi que DU de Médecine d’Urgence de la Personne Agée. Par ailleurs, l’enseignement était complété par des enseignements dans les conférences Hermès de préparation à l’Examen Classant National.

La découverte de la recherche en médecine tropicale sous les tropiques
Le premier séjour en Guyane en 2007, a été l’occasion de m’initier à la recherche à plus grande échelle dans le cadre du projet ERAES (Ecologie de la Résistance aux Antibiotiques d’Escherichia coli et Staphylococcus aureus) dans les flores commensales de l’homme et des animaux en milieu naturel, au village amérindien Wayãpi de Trois-Sauts. Ma contribution au projet a été principalement le recueil de données sur le terrain et j’ai été associé à trois des nombreuses publications qui ont été tirées de cette étude. Cette étude en Guyane, motif initial du voyage, sera surtout l’occasion de découvrir la Guyane et l’UMIT, Unité des maladies Infectieuses et tropicales du Centre Hospitalier Andrée Rosemon de Cayenne. D’autres travaux se mettront progressivement en place avec l’Unité des maladies Infectieuses et Tropicales d’une part, le laboratoire de parasitologie et le centre d’investigation clinique du CH de Cayenne d’autre part, avec la réalisation d’un master 2 avec ces équipes en 2010, puis l’installation définitive à partir de 2014. Des séjours professionnels à Mayotte, en Guadeloupe, en Algérie, en Mauritanie et en Libye, ont également permis la réalisation soit d’étude et de publications, soit d’enseignements sur diverses thématiques infectieuses.

La recherche en médecine tropicale comme activité principale après la clinique : retour en Guyane en 2014
Le retour en Guyane en avril 2014 marque le début d’une activité de recherche, encadrement et enseignement intense en pathologie infectieuse et aussi médecine tropicale non infectieuse. La position de clinicien en infectiologie, amené à soigner un éventail très vaste de pathologies, permet de s’intéresser à un panel large qui ne peut se cantonner à une thématique, comme cela est le cas chez des chercheurs à temps plein. Ainsi dans le cadre de ce mémoire, il est difficile de se cantonner à une ou deux thématiques. Néanmoins, parmi les différents layons empruntés au cours des quatre années passées en Guyane, quelques chemins plus larges se dégagent. Ainsi, l’épidémiologie des zoonoses bactériennes émergentes amazoniennes, fièvre Q et leptospirose, a été l’un de mes principaux sujets d’étude, à l’origine du sujet de ma thèse d’Université. L’épidémiologie des arboviroses, soit pandémiques- dengue, chikungunya, Zika-, soit plus localisées -virus Mayaro et Tonate-, constitue un autre des axes de recherche et de projets. Un troisième volet des recherches menées est l’infectiologie tropicale en rapport avec les zones isolées : VIH, hépatites virales, angiostrongyloïdoses, paludisme, histoplasmose. Le quatrième volet concerne la médecine tropicale non infectiologique et notamment les envenimations ophidiennes, allergie à la viande de mammifères induite par une piqûre de tique.

TRAVAUX DE RECHERCHE EN COURS ET À VENIR

De nombreux projets d’études sont actuellement en cours dans de multiples domaines :

  • Fièvre Q en Guyane : publication du cluster de cas de fièvre Q au carbet de la Marine et identification d’une nouvelle espèce animale porteuse, Etude rétrospective sur la fièvre Q pédiatrique, Comparaison de l’évolution de la fièvre Q aiguë traitée par macrolides vs. doxycycline, Revue de la littérature sur la fièvre Q chez le voyageur, étude rétrospective sur l’incidence de la fièvre Q en Guyane 2007-2017 avec le CNR de Marseille et l’Institut pasteur de Guyane.
  • Leptospirose en Guyane : Leptospire et environnement avec l’IRD, Etude d’incidence de la leptospirose CHAR vs. Guyane. Un projet de grande envergure visant à la fois à évaluer l’incidence de la leptospirose et de la fièvre Q en Guyane, parallèlement à  la mise en place de l’outil biologique PCR devra voir le jour.
  • Nombreux autres projets en cours avec de multiples collaborateurs : histoplasmose, mycobactéries atypiques, allergie à la viande induite par morsures de tiques, etc.

PERSPECTIVES PROFESSIONNELLES ET UNIVERSITAIRES

Les projets universitaires et professionnels sont multiples et bien détaillés dans le mémoire. Néanmoins, voici les principaux projets en cours :

  • Mise en place de la collaboration de l’UMIT depuis janvier 2018 avec le réseau international de surveillance des pathologies des voyageurs de GeoSentinel monté par  l’International Society of Travel Medicine (ISTM) et les Centers for Disease Control (CDC) d’Atlanta, États-Unis.
  • Contribution au développement de l’enseignement en Guyane : pérénisation des cours aux internes de l’UMIT, au DES de médecine générale, formation hors les murs dans des associations de protection de l’environnement et naturalistes
  • Contribution à augmenter la visibilité de la recherche en Guyane au-delà de la Guyane : contribution en tant qu’intervenant, comité scientifique ou organisateur de congrès nationaux et internationaux : nationale : JNI, RICAI, SFLS, Urgence, Afravih et internationale ASTMH, ECCMID. Accompagner le projet ambitieux porté par le Pr Nacher et son équipe de construction d’un bâtiment recherche permettra d’intégrer encore plus mon activité dans l’enseignement et la recherche.
  • Poursuivre la mise en place de liens et de collaborations à l’échelle nationale et internationale : établissements de santé régionaux comme le Centre Hospitalier de l‘Ouest Guyanais, le Service de Santé des Armées, des organismes de recherche guyanais avec en premier lieu différents départements de l’institut Pasteur de la Guyane, l’Institut de Recherche pour le Développement, l’Office Nationale de la chasse et de la Faune Sauvage, établissements de santé en France : CNR des leptospiroses à l’Institut Pasteur de Paris, CNR des rickettsies et de la fièvre Q à l’IHU Méditerranée, divers services de l’Assistance Publique Hôpitaux de Paris, sans compter des collaborations avec des services frères des Antilles dans les CHU de Guadeloupe et de Martinique.
  • Renforcer l’encadrement des plus jeunes : poursuivre l’encadrement des plus jeunes, et passer du stade mémoire de Master 2 et thèse de médecine à l’encadrement de thèse d’université
  • Attribuer une proportion plus importante de mon activité professionnelle au tryptique recherche enseignement encadrement et permettre la valorisation et la promotion de la connaissance médicale et scientifique

CONCLUSION
L’objectif de cette candidature est de rejoindre l’équipe d’encadrement universitaire de l’Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales du Centre Hospitalier Andrée Rosemon, de participer à l’enseignement et l’encadrement de la recherche au sein de ce département (stagiaires, étudiants, internes, praticiens) mais également au sein de l’Université de la Guyane, et également celle des Antilles à laquelle les médecins universitaires du CHAR sont rattachés. Même si l’opportunité ne se présente pas actuellement en Guyane, le candidat reste attentif à toute possibilité de création d’un poste universitaire en Pathologies Infectieuses et Tropicales en Guyane.

Le nombre de chercheurs titulaires d’une habilitation à diriger les recherches est faible en Guyane, et je souhaite pouvoir contribuer à promouvoir la recherche en Guyane en proposant ma candidature comme encadrant. Si mon expertise est principalement axée sur l’étude des maladies tropicales infectieuses et non infectieuses, et les pathologies infectieuses cosmopolites sous l’angle de leurs particularités régionales, l’éventail éclectique naturaliste de ses centres d’intérêts, jusqu’à l’herpétologie et l’ornithologie, lui permettrait de diriger un panel large de travaux d’étudiants originaires d’autres filières scientifiques que celles de la médecine.

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