Tani LY

Introdução : A histoplasmose é a infecção oportunista mais comum e a principal causa de morte em pessoas que vivem com o HIV, principalmente na América do Sul. Historicamente, Histoplasma capsulatum foi classificado em 3 variedades: capsulatum, duboisii e farciminosum. Em seguida, a espécie foi subdividida em 8 clados, 2 dos quais eram específicos da América Latina: LAm A e LAm B. Recentemente, outros estudos mostraram que a América Latina abriga pelo menos 7 novos clados, 5 dos quais circulam no Brasil. No entanto, nenhum isolado veio da Guiana Francesa, que também faz parte da Amazônia, conhecida por ser um hotspot de diversidade único.

O principal objetivo desta tese foi, portanto, atualizar e aprimorar nosso conhecimento filogenético do Histoplasma capsulatum incluindo isolados das três Guianas em nossa análise, usando as tecnologias e os métodos mais recentes.

O objetivo secundário é determinar a prevalência de histoplasmose na vida selvagem da Guiana Francesa.

Material e métodos: Culturas do diagnóstico de rotina de histoplasmose no Hospital Cayenne e aquelas provenientes de colaborações foram selecionadas e subcultivadas em meio sólido. Cada cultura foi usada como modelo para extração de DNA. Uma verificação de PCR foi realizada para verificar a identidade da espécie para cada isolado incluído no estudo. O método de Kasuga foi iniciado pela amplificação por PCR de partes dos genes arf, H-anti, ole e tub para cada isolado. Os produtos de PCR resultantes foram sequenciados e, em seguida, o sequenciamento do genoma completo foi realizado nas plataformas Hiseq e NextSeq. As sequências do gene e do genoma foram usadas para análise filogenética usando a máxima verossimilhança e, em seguida, para o estudo da população usando Neighbor-joining, análise de componentes principais, FastStructure e gráficos de mistura. Para estudar a prevalência da histoplasmose na vida selvagem, foram coletadas amostras biológicas de várias espécies locais e o DNA foi extraído. Em seguida, o DNA foi extraído delas. A prevalência da histoplasmose foi avaliada por PCR em tempo real visando o gene ITS.

Resultados: 85 genomas completos foram sequenciados recentemente, 37 dos quais provenientes da Guiana Francesa. A análise filogenética identificou 4 espécies filogenéticas putativas diferentes de Histoplasma capsulatum presentes na Guiana Francesa, 3 dos quais foram escritos pela primeira vez: Amazônia I, II e III. Eles formam 7 grupos por similaridade genética com clados pré-existentes. A atual diversidade genética do gênero Histoplasma é o resultado da evolução de pelo menos 6 populações ancestrais.

O estudo de prevalência foi realizado em 97 espécies de mamíferos amazônicos da Guiana Francesa coletados ao longo da costa: 49 tatus, 12 cabiais e matilhas, 4 porcos-espinhos e tamanduás, 2 corças, mustangs-preguiça, pakiras e Dasypus kappleri tatus, e 1 cutia, babuíno, jaguarondi, kinkajou, macaco, gato-maracajá, mirmidon, saimiri, anta e tayra. As amostras biológicas foram: coração (94,8%), cérebro, pulmões, fígado, baço, rins e sangue. A prevalência foi mais importante nos farejadores de solo - matilha, tatu e cabiaí - e nas amostras de pulmão, fígado e baço. A taxa de prevalência da histoplasmose na fauna silvestre da Guiana Francesa foi estimada em até 56%.

Em conclusão, esses estudos nos permitiram aprimorar a resolução do Histoplasma capsulatum árvore filogenética, identificando 3 novos clados além dos 7 já existentes na América Latina. Isso corrobora a ideia de que a América Latina tem a maior diversidade de histoplasmas. Por outro lado, esses estudos identificaram pela primeira vez a prevalência da histoplasmose na vida selvagem, com uma prevalência maior em farejadores de solo. Isso corrobora a relação entre infectividade e frequência de contato ou grau de exposição.

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