Tani LY

Inleiding : Histoplasmose is de meest voorkomende opportunistische infectie en de belangrijkste doodsoorzaak bij mensen met HIV, vooral in Zuid-Amerika. Historisch gezien, Histoplasma capsulatum werd ingedeeld in 3 variëteiten : capsulatum, duboisii en farciminosum. Vervolgens werd de soort onderverdeeld in 8 clades, waarvan er 2 specifiek waren voor Latijns-Amerika: LAm A en LAm B. Recentelijk hebben andere studies aangetoond dat Latijns-Amerika ten minste 7 nieuwe clades herbergt, waarvan er 5 in Brazilië circuleren. Er kwamen echter geen isolaten uit Frans Guyana, dat ook deel uitmaakt van het Amazonegebied en bekend staat als een unieke hotspot voor diversiteit.

Het hoofddoel van dit proefschrift was daarom om onze fylogenetische kennis van de Histoplasma capsulatum soorten door isolaten uit de drie Guianas in onze analyse op te nemen met behulp van de meest recente technologieën en methoden.

Het secundaire doel is het bepalen van de prevalentie van histoplasmose bij wilde dieren in Frans-Guyana.

Materiaal en methoden : Culturen van de routinediagnose van histoplasmose in het Cayenne Ziekenhuis en culturen van samenwerkingsverbanden werden geselecteerd en gesubcultiveerd op een vast medium. Elke kweek werd gebruikt als sjabloon voor DNA-extractie. Er werd een PCR-controle uitgevoerd om de identiteit van de soort te verifiëren voor elk isolaat dat in de studie werd opgenomen. De methode van Kasuga werd gestart door PCR-amplificatie van delen van de arf-, H-anti-, ole- en tub-genen voor elk isolaat. De resulterende PCR-producten werden gesequeneerd en vervolgens werd het hele genoom gesequeneerd op de Hiseq en NextSeq platforms. De gen- en genoomsequenties werden gebruikt voor fylogenetische analyse met Maximum Likelihood en vervolgens voor populatieonderzoek met behulp van Neighbor-joining, Principal Component Analysis, FastStructure en Admixture plots. Om de prevalentie van histoplasmose bij in het wild levende dieren te bestuderen, werden biologische monsters van verschillende lokale soorten verzameld en werd DNA geëxtraheerd. Vervolgens werd er DNA van hen geëxtraheerd. De prevalentie van histoplasmose werd beoordeeld door middel van real-time PCR gericht op het ITS-gen.

Resultaten: 85 volledige genomen zijn nieuw gesequenced, waarvan 37 uit Frans Guyana. De fylogenetische analyse identificeerde 4 verschillende vermeende fylogenetische soorten van Histoplasma capsulatum aanwezig in Frans Guyana, waarvan er 3 voor het eerst werden beschreven: Amazone I, II en III. Ze vormen 7 groepen door genetische gelijkenis met reeds bestaande clades. De huidige genetische diversiteit van het geslacht Histoplasma is het resultaat van de evolutie van minstens 6 voorouderlijke populaties.

Het prevalentieonderzoek werd uitgevoerd op 97 soorten zoogdieren uit het Amazonegebied van Frans Guyana, verzameld langs de kustlijn: 49 gordeldieren, 12 cabiais en roedels, 4 stekelvarkens en tamanduas, 2 hindes, luiaard-mostangs, pakira's en Dasypus kappleri gordeldieren, en 1 agouti, baviaan, jaguarondi, kinkajou, makaak, margay, mirmidon, saimiri, tapir en tayra. De biologische monsters waren: hart (94,8%), hersenen, longen, lever, milt, nieren en bloed. De prevalentie was hoger bij de grondsnuffelaars - roedel, gordeldier en cabiai - en op de long-, lever- en miltmonsters. De prevalentie van histoplasmose bij wilde dieren in Frans Guyana werd geschat op 56%.

Concluderend hebben deze onderzoeken ons in staat gesteld om de resolutie van de Histoplasma capsulatum fylogenetische boom door 3 nieuwe clades te identificeren naast de 7 die al bestonden in Latijns-Amerika. Dit ondersteunt het idee dat Latijns-Amerika de grootste diversiteit aan histoplasma's heeft. Aan de andere kant hebben deze onderzoeken voor het eerst de prevalentie van histoplasmose bij wilde dieren geïdentificeerd, met een hogere prevalentie bij grondsnuffelaars. Dit bevestigt de relatie tussen besmettelijkheid en contactfrequentie of mate van blootstelling.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit, sed diam nonummy nibh euismod tincidunt ut laoreet dolore magna aliquam erat volutpat. Ut wisi enim ad minim veniam, quis nostrud exerci tation ullamcorper. Duis autem vel eum iriure dolor in hendrerit in vulputate velit esse molestie consequat, vel illum dolore eu feugiat nulla facilisis at vero eros et accumsan et iusto odio dignissim qui blandit praesent luptatum zzril delenit augue duis dolore te feugait nulla facilisi.