Soushieta JAGADESH

La récente pandémie de Covid19 nous rappelle, si cela était encore nécessaire, que la propagation des maladies infectieuses ignore les frontières géographiques. Les changements combinés de biodiversité locale et l’utilisation des terres, l’augmentation de la connectivité internationale par le transport et le commerce ainsi que la menace imminente du changement climatique a accru le risque d’émergence et de réémergence des maladies infectieuses (EMI). Jusqu’à présent la réponse des politiques de santé publique a été la surveillance passive sans toutefois s’avérer réellement efficace dans la prévention et le contrôle des épidémies. Le choix qui a été fait ici est celui d’une nouvelle approche anticipative, par identification des zones à haut risques d’EMI en se basant sur la détection des facteurs environnementaux les plus favorisant. Parmi ces facteurs on trouve la conversion des terres, la diminution drastique de la biodiversité ou encore le changement climatique.  Ainsi la méthode biogéographique a permis d’étudier et d’analyser les EMI à travers différents groupes de taxons de pathogènes comme les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons. L’étude a été portée globalement, ainsi que localement, en Guyane Française, un territoire français d’outre-mer situé en Amérique du Sud. Dans les deux cas, à travers les différents groupes de pathogènes, les risques d’inondation, les récentes conversions de parcelles de forêts en terres agro-minières et l’augmentation du minimum de température due au changement climatique se sont avérés être des facteurs significatifs dans l’émergence globale et locale des maladies infectieuses étudiées. Les principaux résultats de cette thèse sont les suivantes :

1. Une approche biogéographique de modélisation de la distribution des EMI en utilisant les bases de données existantes sur les cas cliniques, l’imagerie satellite et un modèle statistique non conventionnel est efficace pour détecter précocement les régions à risque, permettre d’améliorer la prévention, et contrôler leur diffusion.
2. Il est possible d’anticiper les EMI en identifiant et en gérant précocement les facteurs favorisant ayant un lien direct avec l’anthropisation de l’environnement.

The COVID-19 pandemic highlights that the spread of infectious diseases goes beyond geographical boundaries. Simultaneous changes in local biodiversity and land use, the increasing international connectivity through human transport and trade and the imminent threat of climate change have increased the risk of the emergence and reemergence of infectious diseases. The current public health response to emerging infectious diseases (EID) by passive surveillance has proven largely ineffective in preventing and controlling disease outbreaks. The way toward is to “get ahead of the curve” by identifying potential hotspots of disease emergence and detecting the environmental triggers such as land transformation, biodiversity loss and climate change. I used a biogeographic approach to study and analyze disease emergence across different taxonomic pathogen groups such as bacterial, viral, protozoal and fungal, globally and in French Guiana, a French Overseas territory located in South America. I found that regions at risk of floods, recent conversion of forest to agricultural lands and increasing minimum temperature (i.e. temperature at night) caused by climate change were drivers for disease emergence locally and globally across the different pathogen groups. The main findings of the PhD thesis are the following:

1. Biogeographic approach to mapping the distribution of EIDs with using existing human cases data, remote sensing imagery and unconventional statistical models is effective to “get ahead of the curve” in the detection of regions at risk and the management of EIDs.
2. EIDs are not unprecedented but predictable by identifying and managing the triggers of disease emergence, which have a direct link with the anthropization of the environment.