L’équipe TBIP est l’une des 14 équipes du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL). Elle est constituée d’un pôle localisé à Lille et l’autre à Cayenne, à l’Université de Guyane. Le pôle de Cayenne regroupe du personnel universitaire (technicienne, assistante ingénieure, ingénieure d’études, professeure des universités et des doctorants) et des hospitalo-universitaires (professeurs des universités-praticiens hospitaliers (PU-PH) et maître de conférences universitaires- praticiens hospitaliers (MCU-PH)). Les axes de recherche de l’équipe TBIP Cayenne sont essentiellement focalisés sur les maladies parasitaires (la leishmaniose, la toxoplasmose amazonienne, le paludisme, maladie de Chagas …), mycoses (histoplasmose…) et quelques maladies bactériennes (leptospirose et fièvre Q).
Elle adopte une stratégie de recherche fondée sur le concept de « One Health » (une seule santé), qui permet d’étudier les questions liées à la santé humaine en prenant en compte ses liens avec la santé des animaux qu’ils soient domestiques, d’élevage ou sauvages, et l’environnement. Les analyses environnementales visent à établir des liens entre des épidémies chez l’Homme et la présence des agents pathogènes dans l’environnement immédiat ou chez les animaux environnants.
L’objectif de l’équipe TBIP Cayenne vise également à répondre aux spécificités du territoire, notamment en développant des outils de diagnostic faisant appel à des technologies innovantes.
Axes de recherche
Les axes de recherche de l’équipe TBIP portent sur :
- l’étude des zoonoses et de leurs rôles dans la transmission, le maintien et l’émergence de maladies infectieuses (évaluation des risques sanitaires, identification des animaux réservoirs ou hôtes de micro-organismes pathogènes)
- l’étude des interactions hôtes-parasites et des facteurs de virulence et des mécanismes de protection ou d’aggravation durant l’infection (conséquences sur l’évolution de l’infection, étude des réponses immunitaires, impact des co-infections, recherche de biomarqueurs …)
- la contribution aux besoins du territoire en matière d’outils diagnostic (mise en place d’outils de diagnostic adaptés aux spécificités locales)
Publications
Dix dernières publications :
Fatal case of imported visceral leishmaniasis in a dog caused by Leishmania infantum in French Guiana. Mona Saout, Théo Pinheiro, Virginie da Costa, Marine Savin, Benoit Balmelle, Solène Lefort, Benoit de Thoisy, Adria Matoute, Miguel Hernandez, Christophe Ravel, Yvon Sterkers, Ghislaine Prévot, Magalie Demar, Marine Ginouvès. Vet Parasitol Reg stud reports. 2024 ; vol 55 : doi.org/10.1016/j.vprsr.2024.101108.
Meat-Borne-Parasite: A Nanopore-Based Meta-Barcoding Work-Flow for Parasitic Microbiodiversity Assessment in the Wild Fauna of French Guiana. Matoute A, Maestri S, Saout M, Laghoe L, Simon S, Blanquart H, Hernandez Martinez MA, Pierre Demar M. Curr Issues Mol Biol. 2024 Apr 24;46(5):3810-3821. doi: 10.3390/cimb46050237. PMID: 38785505; PMCID: PMC11119736.
Clinical and immunological spectra of human cutaneous leishmaniasis in North Africa and French Guiana. Saidi N, Blaizot R, Prévot G, Aoun K, Demar M, Cazenave PA, Bouratbine A, Pied S. Front Immunol. 2023 Jul 27;14:1134020. doi: 10.3389/fimmu.2023.1134020. eCollection 2023.PMID: 37575260
Biodiversity and vector-borne diseases: Host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases. Kocher A, Cornuault J, Gantier JC, Manzi S, Chavy A, Girod R, Dusfour I, Forget PM, Ginouves M, Prévot G, Guégan JF, Bañuls AL, de Thoisy B, Murienne J.Mol Ecol. 2023 Apr;32(8):1817-1831. doi: 10.1111/mec.16341. Epub 2022 Jan 21.PMID: 35000240
Treating leishmaniasis in Amazonia, part 2: Multi-target evaluation of widely used plants to understand medicinal practices. Houël E, Ginouves M, Azas N, Bourreau E, Eparvier V, Hutter S, Knittel-Obrecht A, Jahn-Oyac A, Prévot G, Villa P, Vonthron-Sénécheau C, Odonne G. J Ethnopharmacol. 2022 May 10;289:115054. doi: 10.1016/j.jep.2022.115054. Epub 2022 Feb 5. PMID: 35131338.
Spatial variations in Leishmaniasis: A biogeographic approach to mapping the distribution of Leishmania species. Jagadesh S, Combe M, Ginouvès M, Simon S, Prévot G, Couppié P, Nacher M, Gozlan RE.One Health. 2021 Aug 12;13:100307. doi: 10.1016/j.onehlt.2021.100307. eCollection 2021 Dec.PMID: 34430698
Validation of Swab Sampling and SYBR Green-Based Real-Time PCR for the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis in French Guiana. Blaizot R, Simon S, Ginouves M, Prévot G, Blanchet D, Ravel C, Couppie P, Demar M, Nabet C.J Clin Microbiol. 2021 Jan 21;59(2):e02218-20. doi: 10.1128/JCM.02218-20. Print 2021 Jan 21.PMID: 33148706
Immunoblot for the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis in French Guiana. Menu E, Blaizot R, Mary C, Simon S, Adenis A, Blanchet D, L’Ollivier C, Ranque S, Demar M.Am J Trop Med Hyg. 2021 May 3;104(6):2091-2096. doi: 10.4269/ajtmh.19-0591.PMID: 33939643
Outbreak of Cutaneous Leishmaniasis among military personnel in French Guiana, 2020: Clinical, phylogenetic, individual and environmental aspects. Henry K, Mayet A, Hernandez M, Frechard G, Blanc PA, Schmitt M, André N, Loreau JM, Ginouves M, Prévot G, Couppié P, Demar M, Blaizot R.PLoS Negl Trop Dis. 2021 Nov 19;15(11):e0009938. doi: 10.1371/journal.pntd.0009938. eCollection 2021
Leishmania naiffi and lainsoni in French Guiana: Clinical features and phylogenetic variability. Ducharme O, Simon S, Ginouves M, Prévot G, Couppie P, Demar M, Blaizot R.PLoS Negl Trop Dis. 2020 Aug 14;14(8):e0008380. doi: 10.1371/journal.pntd.0008380. eCollection 2020 Aug.
American cutaneous leishmaniasis in French Guiana: an epidemiological update and study of environmental risk factors. Loiseau R, Nabet C, Simon S, Ginouves M, Brousse P, Blanchet D, Demar M, Couppie P, Blaizot R. Int J Dermatol. 2019 Nov;58(11):1323-1328. doi: 10.1111/ijd.14625. Epub 2019 Sep 16.PMID: 31524286
Projets de recherche
AIRFUNGUI
(Airborne fungi of French Guiana: biodiversity, seasonal dynamics and influence of meteorological factors).
Ce projet vise à étudier la biodiversité fongique aérienne en Guyane Française afin d’établir une surveillance épidémiologique des facteurs de risque des maladies respiratoires et des épisodes de pollution. Cette étude recourra à des technologies innovantes telles que le métabarcoding d’ADN environnemental et l’intelligence artificielle.
Financement AIBSI (ANR –PIA4 ExcellenceS) 2023-2024 (18 mois)
Financement LabeX CEBA 2023-2024 (13 mois)
DEVOD
(Développement d’outils de diagnostic).
Ce projet vise à mettre en place des outils de diagnostic basés sur la PCR multiplexe en temps réel, le Test de Diagnostic Rapide (TDR) et les biocapteurs. Ces outils, adaptés aux particularités du territoire, sont destinés aux structures de santé afin de leur permettre d’effectuer des tests de diagnostic localement.
Financement AIBSI (ANR –PIA4 ExcellenceS) 2023-2024 (18 mois)
ICMC
(Etude des mécanismes de contamination des cathéters veineux en milieu hospitalier).
Ce projet vise à étudier le microbiote cutané bactérien des patients de réanimation, à l’aide de prélèvements cutanées réguliers analysés en microbiologie ainsi qu’en métagénomique. L’hypothèse avancée est que les soins de réanimation déstabilisent ce microbiote (apparition d’une dysbiose), permettant l’apparition de bactéries pathogènes et d’infections nosocomiales.
Pécaris à collier
Les pécaris, faisant partie intégrante de la faune sauvage de Guyane et d’Amazonie, constituent une source alimentaire profondément enracinée dans la culture des populations locales. Pour concilier préservation de la faune sauvage et respect des pratiques locales, le développement d’une filière d’élevage apparaît de plus en plus comme une nécessité. Afin d’assurer la sécurité sanitaire des élevages et des consommateurs, il est nécessaire de disposer des outils de suivi requis. L’objectif de ce projet est de (1) caractériser les microorganismes pathogènes pour l’homme présents chez le pécari à collier, (2) d’évaluer le risque de transmission à l’homme, et (3) de mettre en évidence la présence de pathogènes pouvant avoir un impact sur le développement des animaux d’élevage.
LabVet
L’anthropisation et la destruction de la biodiversité sont connues pour favoriser le passage de pathogènes des animaux sauvages vers les animaux domestiques et d’élevage, favorisant potentiellement l’émergence de nouvelles épidémies. Le projet LabVet vise à récolter, mettre en collection et identifier les pathogènes présents dans des échantillons d’animaux domestiques, d’élevage et sauvages. L’objectif cette étude est d’inventorier les pathogènes parasitaires, bactériens et fongiques circulant sur le territoire. Les résultats obtenus permettront de constituer une première estimation des zoonoses présentes sur le territoire et ainsi d’orienter et prioriser les projets de recherche axés sur les zoonoses chez les animaux, telles que la leptospirose et la maladie de Chagas.
Financement :Université de Guyane
Missions d'expertise et prestations
Identification de microorganismes (eau, air, sol, animaux …)
- Biologie Moléculaire :
- dPCR, qPCR, PCR classique
- séquençage (ADN et métagénomique …)
- Microscopie
- Sérologie (détection antigènes, anticorps)
- Cultures cellulaires
pour la détection et l’identification de micro-organismes issus de diverses matrices (eau, air, sol, animaux…). L’équipe TBIP travaille en collaboration avec d’autres équipes de recherche, et peut également proposer des prestations de service aux professionnels.
Formations et transfert de compétences
Le laboratoire TBIP propose des formations du personnel aux techniques de diagnostic en biologie moléculaire, sérologie et culture cellulaire. En effet, des formations visant un transfert de compétences en biologie moléculaire, sont régulièrement dispensées au personnel technique du laboratoire hospitalo-universitaire de parasitologie-mycologie du Centre Hospitalier de Cayenne.
Analyse de la qualité microbiologique de l’air de locaux à usage professionnel
Le laboratoire TBIP effectue des prestations d’analyse de la qualité de l’air au sein de structures professionnelles. Les membres de l’équipe se rendent dans les locaux à contrôler, procèdent à un prélèvement de l’air et procèdent à la recherche d’allergènes, tels que les champignons.
Partenaires : Atmo Guyane et Laboratoire Hospitalo-universitaire de parasitologie et mycologie – centre hospitalier de Cayenne
Test de sensibilité d’extraits de plantes anti-leishmania
Le laboratoire TBIP propose son expertise pour l’évaluation de l’effet anti-Leishmania de diverses substances. Les extraits à tester sont transmis au laboratoire TBIP qui évalue la sensibilité de ces extraits sur la forme promastigote du parasite et, depuis peu, sur la forme amastigote en macrophage.
Collaboration : Cutanex (depuis 2019), Ecofog (2017-22)
Equipe TBIP
Direction
Magalie DEMAR (PU-PH)
Directrice pôle Cayenne
Sylviane PIED (DR)
Directrice pôle Lille
BIATSS
Marine GINOUVES (IGE), Adria MATOUTE (ASI), Mona SAOUT (Tech)
Praticiens Hospitalier
Hatem KALLEL (PU), Narcisse ELANGA (PU), Félix DJOSSOU (PU), Pierre COUPPIE (PU), Romain BLAIZOT (MCF)
Professeurs des Université
Ghislaine PREVOT
Doctorants
Adria MATOUTE, Guillaume ICHER, Flaubert NKONTCHO DJAMKEBA, Ariane ROUJANSKY, Jean-Marc PUJO, Fitriani Dewi Yunia, Romain BLAIZOT, Kévin NERON
Adria MATOUTE, doctorante et assistante ingénieure au sein du laboratoire UMR-CIIL-TBIP. Les travaux qu’elle mène durant sa thèse s’inscrivent dans le cadre du projet Airfungui qui a pour objectif d’étudier la diversité fongique aérienne. L’étude vise également à identifier les corrélations entre facteurs biotiques (champignons, bactéries…) et abiotiques (température, force du vent …) afin de développer un modèle prédictif pour établir la surveillance des micro-organismes allergènes et pathogènes. Ses travaux de recherche portent également sur la micro-biodiversité de la faune sauvage de Guyane française. Elle est en charge du déploiement d’outils bio-informatiques au sein de l’unité.
Ghislaine PREVOT, Professeure des Universités en biochimie et microbiologie depuis 2017 et Vice-Présidence recherche et valorisation à l’Université de Guyane depuis 2023. Elle a réalisé sa thèse de doctorat sur l’étude de la compétence vectorielle des Anophèles vis-à-vis de Plasmodium falciparum, agent responsable du paludisme, sous la direction de Catherine BOURGOUIN à l’Institut Pasteur de Paris et à l’Université Pierre et Marie Curie (Sorbonne Université). Ses travaux de recherche portent en particulier sur la leishmaniose (réponse immunitaire, Leishmania RNA virus, résistance aux médicaments, vecteurs), et plus généralement sur les maladies vectorielles et les zoonoses. Enseignante-chercheuse à l’Université en Guyane depuis 2002, elle participe à la formation des étudiants de licence et de médecine. Elle apporte son expertise dans diverses structures telles que l’Observatoire régional de la santé (2019 à ce jour), le Conseil économique, social, environnemental, de la culture et de l’éducation de Guyane (depuis 2024), le Conseil scientifique régional du patrimoine naturel (2007 à 2024), et le conseil scientifique du centre franco-brésilien de la biodiversité amazonienne (depuis 2024).
Magalie DEMAR, Professeure d’Université-Praticien Hospitalier (PU-PH) en parasitologie et mycologie depuis 2015 à l’Université de Guyane, elle a dirigé l’équipe de recherche « Ecosystèmes amazoniens et pathologie tropicale » (EPaT) de 2017 à 2019, devenue l’équipe TBIP de l’UMR CIIL, qu’elle co-dirige depuis 2020. Elle a réalisé sa thèse sur l’épidémiologie de la toxoplasmose, sous la direction du Pr. CARME au CHU des Antilles-Guyane. Ses travaux de recherche portent sur les zoonoses (faune sauvage, d’élevage et domestique) et en particulier sur la toxoplasmose amazonienne et les parasites intestinaux. Elle est impliquée dans des activités d’enseignement et de formation de Master principalement en parasitologie et mycologie.
Marine GINOUVES, PhD en biologie cellulaire et moléculaire en 2020, ingénieure d’études au laboratoire TBIP depuis 2009. Elle a réalisé sa thèse sur la phylogénie des Leishmania RNA virus (LRV) et leur implication dans la leishmaniose cutanée, sous la direction du Pr. COUPPIE et du Pr. PREVOT, à l’Université de Guyane (UG). Ses travaux de recherche portent sur la leishmaniose (LRV, vecteurs, tests de sensibilité in vitro), les zoonoses (faune sauvage, d’élevage et domestique), et le développement d’outils de diagnostic adaptés aux besoins du territoire pour la recherche de parasites, bactéries et mycètes. Elle est également impliquée dans la vie universitaire, en tant que membre de conseils de l’UG, et dans les activités d’enseignement et de formation des étudiants en Licence et Master. Elle participe également à la gestion budgétaire de l’équipe TBIP (pôle Cayenne).
Mona SAOUT, Technicienne biologiste au laboratoire TBIP depuis 2018. Elle participe à plusieurs projets de recherche à TBIP en lien avec les zoonoses en Guyane, travaillant en collaboration avec des vétérinaires pour la leptospirose, la maladie de Chagas, la piroplasmose équine. Elle réalise des analyses sérologiques et de biologie moléculaire, visant à montrer la présence de pathogènes dans des prélèvements biologiques animaux. Assistante de Prévention pour tous les laboratoires de Biologie et Chimie de l’Université de Guyane, elle est impliquée dans les questions de sécurité au travail.
Contact
Laboratoire TBIP • Université de Guyane • Villa Recherche • Campus Troubiran • 97300 Cayenne
UMR TBIP-CIIL
Domaine de recherche :
Santé, One health
Structure(s) de rattachement :
Tutelle pôle Cayenne : Université de Guyane
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UMR : Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (U1019 INSERM)
Equipe : TBIP (Tropical Biome and Immuno Physiopathology)